1936年7月，学校更名为广西大学医学院。1937年2月，学校更名为广西军医学校。1939年4月， 学校更名为广西省立医药专科学校。1939年9月，学校恢复更名为广西省立医学院。1940年2月， 学校及附属医院迁往桂林，以七星岩栖霞寺为校址复课、开诊。1944年9月，桂林告急， 学校先后分路迁往昭平、八步、融水、三江等地。1945年8月，日本投降，抗战胜利， 同年11月学校全部师生返回桂林。1946年7月，学校迁入桂林栖霞路新址办学。

1949年10月，新中国成立，11月22日桂林解放，学校更名为广西省医学院。 1950年，学校学制改为五年。1953年，学校名称改为广西医学院。1954年， 校址迁回南宁津头村，办学环境得到改善，师资队伍不断扩大，招生人数逐年增长， 教学、科研取得新进展。1966年，“文化大革命”开始，全校停课。1966年至1970年， 受“文革”影响，停止招生五年。1971年，开始招收工农兵学员，学制三年。1977年， 学校教学秩序恢复正常，学制复改为五年，分设医学系和卫生系。

1978年，学校开始招收硕士研究生和外国留学生，是当时全国8所最早接收外国留学生的医学院校之一。 1981年获得硕士学位授予权，是我国第一批硕士学位授权单位，1984年我校儿科学专业获得博士学位授予权， 是广西高校第一个博士点，1988年开始招收博士研究生。1992年10月，经自治区人民政府同意， 学校更名为广西医科大学。1996年5月，国家教育部批准学校更名为广西医科大学

2020年5月学校成为自治区人民政府与国家卫生健康委员会共建的高校。 2021年成为自治区“十四五”规划重点支持建设国内同类一流大学的高校。 学校办学规模不断扩大，现拥有南宁-校本部、南宁-武鸣校区、 南宁-五象校区（在建）、玉林校区4个校区，共占地约3300亩。 拥有5所直属附属医院，10所非直属附属医院。